Коллегия Счетной палаты образована в 1996 году.
К полномочиям Коллегии относятся принятие Регламента Счетной палаты, утверждение содержание направлений деятельности, возглавляемых аудиторами Счетной палаты и распределения обязанностей между аудиторами.
Кроме того, Коллегия рассматривает и утверждает результаты контрольных и экспертно-аналитических мероприятий, информацию о ходе исполнения республиканского бюджета, предложения по совершенствованию бюджетного процесса, утверждает отчеты и заключения, направляемые Народному Хуралу Республики Бурятия, утверждает стандарты внешнего государственного финансового контроля.
К функциям Коллегии относятся также принятие Регламента Счетной палаты, определяющего внутренние вопросы деятельности Счетной палаты; рассмотрение и утверждение ежегодных годовых отчетов о деятельности Счетной палаты и годового плана работы, включая внесение изменений и дополнений в план; утверждение постановлений и представлений Счетной палаты.
По представлению Председателя Счетной палаты Коллегия утверждает структуру и штатное расписание Счетной палаты.
В состав Коллегии входят Председатель Счетной палаты, заместитель Председателя Счетной палаты и аудиторы Счетной палаты. В заседаниях Коллегии вправе принимать участие председатели комитетов Народного Хурала Республики Бурятия. По решению Председателя Счетной палаты при рассмотрении и утверждении отчета или заключения о проведении контрольного или экспертно-аналитического мероприятия на заседании Коллегии могут присутствовать иные заинтересованные лица. В заседании Коллегии обязательно участвует главный инспектор по юридической работе Счетной палаты.
Работа Коллегии Счетной палаты проводится в форме заседаний, как правило, в открытой форме. Решения по вопросам, входящим в повестку дня заседания Коллегии, принимаются большинством голосов от числа членов Коллегии. При равенстве голосов голос Председателя Счетной палаты является решающим.
Руководит работой и подписывает решения Коллегии Председатель Счетной палаты, а в его отсутствие - заместитель Председателя Счетной палаты.