История создания и развития Счетной палаты Республики Бурятия начинается с сентября 1995 года, с решения органа законодательной власти Республики Бурятия – Народного Хурала Республики Бурятия о создании в соответствии с Конституцией Республики Бурятия постоянно действующего органа внешнего государственного финансового контроля.
Законом Республики Бурятия от 07 сентября 1995 года № 191-I «О Счетной палате Народного Хурала Республики Бурятия» был установлен правовой статус, сфера деятельности, состав и порядок деятельности Счетной палаты.
Во исполнение указанного Закона, для рассмотрения вопросов планирования и организации работы Счетной палаты, разработки методологии контрольно-ревизионной деятельности, утверждения отчетов по результатам проверок и информационных сообщений, направляемых Народному Хуралу Республики Бурятия, была образована Коллегия Счетной палаты, первое заседание которой состоялось 13 мая 1996 года.
Первым Председателем Счетной палаты стал Айдаев Геннадий Архипович. Первоначальный состав Счетной палаты включал Председателя, заместителя Председателя и трех аудиторов.
В связи с возросшей значимостью и важностью возложенных задач Законом Республики Бурятия от 26 марта 1999 года № 167-II «О внесении изменений и дополнений в Закон Республики Бурятия «О Счетной палате Народного Хурала Республики Бурятия» Счетная палата Народного Хурала Республики Бурятия была преобразована в Счетную палату Республики Бурятия.
Указанным Законом также была расширена сфера деятельности Счетной палаты, введено понятие аппарата Счетной палаты, изменилась структура, увеличена штатная численность, установлен шестилетний срок полномочий Председателя, заместителя Председателя и аудиторов. Коллегией Счетной палаты в соответствии с возложенными полномочиями были утверждены направления деятельности, охватывающие весь комплекс видов и основных направлений деятельности Счетной палаты в целях наиболее рационального и эффективного решения поставленных задач.
С апреля 1998 года по сентябрь 2010 г. Счетную палату возглавлял Иванов Сергей Викторович.
С 2000 года начал издаваться «Бюллетень Счетной палаты Республики Бурятия», что явилось практической реализацией законодательно установленного принципа гласности в деятельности регионального контрольно-счетного органа.
В связи с расширением полномочий в части осуществления внешней проверки годового отчета об исполнении республиканского бюджета, годового отчета об исполнении бюджета территориального государственного внебюджетного фонда, постановлением Коллегии Счетной палаты от 30.12.2007 № 33 были внесены изменения в направления деятельности и утверждено распределение главных распорядителей бюджетных средств по аудиторским направлениям.
Федеральным законом от 26 апреля 2007 года № 63-ФЗ были впервые закреплены отдельные направления деятельности органов внешнего государственного и муниципального финансового контроля как участников бюджетного процесса.
Указанные нововведения, установив на федеральном уровне правовой статус региональных и муниципальных контрольно-счетных органов, позволили Счетной палате в качественно ином формате контролировать использование бюджетных средств в процессе осуществления внешних проверок годовых отчетов об исполнении республиканского бюджета и местных бюджетов высокодотационных муниципальных образований Республики Бурятия. Была развернута работа по созданию и развитию на территории Республики Бурятия самостоятельной системы внешнего муниципального финансового контроля.
Принятие 7 февраля 2011 года Федерального закона № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований» обусловило начало нового этапа развития системы государственного внешнего финансового контроля в Республике Бурятия.
На основе данного Федерального закона был принят Закон Республики Бурятия «О Счетной палате Республики Бурятия» от 5 мая 2011 года № 2087-IV, установивший статус Счетной палаты как постоянно действующего органа государственного внешнего финансового контроля, обладающего организационной и функциональной независимостью, определивший принципы, порядок деятельности, состав, структуру и полномочия контрольно-счетного органа.
С октября 2017 года в Счетной палате функционирует 6 аудиторских направлений. Постановлением Народного Хурала Республики Бурятия от 23.06.2016 № 1910-V установлена штатная численность 44 единицы.
С октября 2010 года до настоящего времени Счетную палату Республики Бурятия возглавляет Председатель Пегасов Евгений Владимирович.
В 2021 году исполнилось 25 лет с момента создания Счетной палаты Республики Бурятия.